écoinformatique FAIR par la pratique

6-8 nov. 2019
Station marine de Concarneau - Concarneau (Francia)

http://ecoinfo-fair.sciencesconf.org

Les communautés en écologie, et particulièrement en macroécologie, sont 1/ historiquement très liées à l'utilisation de standards provenant du milieu de l'information géographique (Directive INSPIRE) avec ses normes et standards concernant la structuration des données et métadonnées et l'utilisation intensive de webservices et protocoles associés (WFS/WMS...) et 2/ particulièrement utilisatrices de scripts R utilisés de manière interactive et en local. Dans le cadre de l'infrastructure de recherche "Pôle national des données de biodiversité" (PNDB de son petit nom), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée, mais plus généralement des objets de recherche en écologie, propose la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, "aussi FAIR et open que possible". Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement LOGiciel au sein de l'Esneignement Supérieur et de la Recherche http://devlog.cnrs.fr/), le PNDB organise une première action ouverte à tous de type atelier de travail / "collaboration fest" incluant un aspect formations introductives. Cette action se déroule du 6 au 8 novembre en cette belle station marine de Concarneau et a pour but notamment de tester l'intérêt de la mise en place d'un tel événement annuel dédié aux communautés en écologie. Pour cette première édition, le programme prévisionnel est volontairement assez ouvert et le mode de participation assez libre (aucune obligation de suivre l'ensemble des formations introductives par exemple si vous souhaitez utiliser pleinement les 48h du collaboration fest pour avancer sur un sujet de développement en particuliers). La première journée du 6 novembre (10h30 - 18h) débutera par un accueil café à 10h30 et une introduction de type séminaire de 11h à 12h. L'après midi sera dédié aux formations introductives, sujets proposés : - bonnes pratiques de travail avec R, initiation à l'utilisation de git et GitHub - initiation à l'utilisation de Docker - initiation au développement d'outils Galaxy à partir de scripts R - initiation au développement de package conda à partir de packages R Les journées du 7 novembre (9h-18h) et du 8 novembre (9h-14h) seront dédiés aux ateliers de travail, vous venez avec vos sujets de développement sur lesquels vous souhaitez travailler durant les 2 jours et/ou vos compétences et/ou envies d'aider certains pour leurs projets. Une liste de sujets "chapeaux" d'intérêt est proposé ci-dessous : - création de scripts R - développement d'applications Shiny - mise à disposition d’applications Shiny par le web (via ShinyProxy notamment) - création de packages conda - passage de scripts R / application Shiny (ou autre) en containers - développement de scripts de visualisation (notamment SIG) - création d'outils Galaxy depuis scripts R - Travail autour des métadonnées (amélioration outils, hacks, amélioration de descriptions de métadonnées) et notamment autour du standard EML (Ecological Metadata Language) et/ou compendium - création de matériels de formation / tutoriels Durant ces 2 jours des formations "avancées" pourront être proposées en fonction du nombre d'intéressés autour des sujets suivants : - extraire des données avec {dplyr} et créer un graphique avec {ggplot2}, - créer une carte du monde avec {sf} , - gérer un conflit de fichier avec git, - Modifier le css d'une app Shiny, - Faire passer l'intégration continue d'un package sur github, - créer son conteneur Docker avec R et une base de données Postures, - exemples sur Galaxy : passage d'un script R en Galaxy - gestion de données / métadonnées : - utilisation du système de package de R pour organiser son travail de recherche/développement sous la forme d'un compendium -EML / EMLAssemblyLine / MetaSHARK
Disciplina científica : 

Lugar de la conferencia
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