French version selectionnée English version Spanish version

ecoinfo-fair : écoinformatique FAIR par la pratique

19-21 oct. 2020
En distanciel, et plusieurs sites (<10 personnes) Pour le moment, sites proposés : - station marine de Concarneau - MNHN jardin des plantes Paris - CESAB Monptellier - Concarneau (France)

http://ecoinfofair2020.sciencesconf.org

Dans le cadre de l'infrastructure de recherche "Pôle national des données de biodiversité" (PNDB de son petit nom), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée, mais plus généralement des objets de recherche en écologie, proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, "aussi FAIR et open que possible". Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement LOGiciel au sein de l'Esneignement Supérieur et de la Recherche), le PNDB organise une seconde action ouverte à tous de type atelier de travail / "collaboration fest" incluant un aspect formations introductives. Cette action se déroule du 19 au 21 octobre en cette belle station marine de Concarneau et en distanciel et a pour but de poursuivre la mise en place d'un tel événement annuel dédié aux communautés en écologie. Programme provisoire EcoinfoFAIR2020 L'idée est de faire une première ~demi journée de présentation/formation introductive puis un grand temps d'échange (~2 jours) de travail en petits groupes Matin 19 : Intro ( 11h- 12H) - Introduction aux journées en présentant la vision FAIR du PNDB Après-midi 19 : plusieurs intervenants (13h-18h) : - Aspect outils "génériques" de développement en écologie, orienté R - Formation rapide introductive à GIT et github - Bonnes pratiques de travail avec R / science reproductible / workflow / package via R, RStudio et Shiny - Formation rapide introductive à Docker avec application en SIG - Aspect Métadonnées - Formation rapide introductive à l'EML - Aspect Analyse de données - Formation rapide introductive à dev Galaxy dont conda Matin 20 (9h) -> Après-midi 21 (16h) : Travail en petits groupes / Hackathon / Collaboration Fest - Sujets potentiels - développements "métadonnées" liés aux standards utilisés en écologie (Darwin-core / EML / ISO19115 / ISO19110...) et/ou aux catalogues de données/métadonnées (GeoNetwork/Metacat/Dataverse/Zenodo...) - développement de scripts R en mode function / package - développement d'applications R Shiny - containerisation d'applications R Shiny pour intégration dans Galaxy - développement d'outils Galaxy à partir de scripts R - développement de matériels de formation 'e-learning" via l'infrastructure du Galaxy Training Network
Discipline scientifique : Sciences de l'environnement - Biodiversité et Ecologie - Environnement et Société - Milieux et Changements globaux - Bio-Informatique, Biologie Systémique - Biodiversité - Ecologie, Environnement - Statistiques

Lieu de la conférence
Personnes connectées : 109 |  Contact |  À propos |  RSS
Sitemap